Bước 1: Tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc, tổ chức được cấp chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo có địa bàn hoạt động ở nhiều huyện thuộc một tỉnh trước khi tổ chức đại hội gửi hồ sơ đề nghị đến Sở Nội vụ.
Bước 2: Sở Nội vụ xem xét hồ sơ,trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, Sở Nội vụ thông báo qua mạng Internet hoặc văn bản cho tổ chức để hoàn chỉnh hồ sơ.
Bước 3: Sở Nội vụ phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định hồ sơ (nếu cần), chấp thuận hoặc không chấp thuận về việc tổ chức đại hội. Trường hợp từ chối đề nghị phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.